Их можно найти например с помощью программа fdupes, она может найти одинаковые файлы. сравнения происходят по длине файла и md5-хеш суммы
$ fdupes -r mp3/
найдет все дублирующие файлы в директории mp3
$ fdupes -r -d video/
найдет все дублирущиеся файлы в директории video/ и предложит удалить дубляжи.
Также весьма полезна бывает команда FSlint (вызывается по fslint-gui ) хороший обзор по ней находится тут
или это можно сделать командой
$ find . -type f -print0 | xargs -0 md5sum | sort | uniq -w 34 -D