uzverss

CheckInstall — компьютерная программа для Unix-подобных операционных систем, созданная с целью облегчить установку и удаление программного обеспечения, скомпилированного из исходных кодов, используя при этом родную для дистрибутива систему управления пакетами. После компиляции программного обеспечения checkinstall может автоматически сгенерировать Slackware-, RPM- или Debian-совместимый пакет, который впоследствии может быть полностью удалён через соответствующий менеджер пакетов. (wiki)

Устанавливаем CheckInstall для ubuntu:
sudo aptitude install checkinstall

Также есть пакеты под другие дистрибутивы.

Теперь сборка с исходников происходит так:
./configure
make
sudo checkinstall

После этого пакет можно удалить либо через Synaptic либо такой командой:
sudo dpkg -r packagename

или так:
sudo apt-get remove packagename

Еще есть auto-apt, который облегчает поиск зависимостей.

Ставим apt-get:
sudo apt-get install auto-apt
sudo auto-apt update
sudo auto-apt updatedb && sudo auto-apt update-local

Теперь поиск недостающего заголовочного файла можно сделать, например, так:
auto-apt search Xlib.h

Установка с исходников становится еще легче:

1) ищем зависимости, если auto-apt что-то найдет то выдаст диалоговое окно с предложение установить их
auto-apt run ./configure

2) собираем, тут ничего не поменялось
make

3) устанавливаем с помощью checkinstall
sudo checkinstall

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Ещё способ:

В вашей системе найдите в Центре приложений Ubuntu пакеты build-essential, checkinstall, auto-apt и установите их. Распакуйте архив с исходниками программы, так называемый тарбол. Запустите Терминал и перейдите в каталог с распакованными исходниками.
Командуйте sudo auto-apt update && auto-apt -y run ./configure
Команда auto-apt начнёт автоматом доставлять пакеты с необходимыми файлами, всякие там заголовочные файлы .h

http://proft.me/2010/05/11/ustanovka-s-ishodnikov-v-ubuntu/
http://vasilisc.com/repository